文献类型：期刊文献

中文题名：鰤鱼诺卡氏菌多重PCR分型方法的建立与应用

英文题名：Establishment and application of multiplex PCR typing method for pathogenic bacterium(Nocardia seriolae)

作者：李雨豪[1,2];陈宝鑫[1];费晴[1];林冠英[1,2];黄婷[3];夏立群[1,2]

机构：[1]广东海洋大学水产学院,广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室,广东湛江524088;[2]广东海洋大学深圳研究院广东省水生动物健康评估工程技术研究中心,深圳海水经济动物种苗健康评价公共技术服务平台,广东深圳518120;[3]广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,广西南宁530021

年份：2024

卷号：39

期号：6

起止页码：956

中文期刊名：大连海洋大学学报

外文期刊名：Journal of Dalian Ocean University

收录：北大核心2023、、CSCD2023_2024、北大核心、CSCD

基金：广东省普通高校重点领域专项(2023ZDZX4008);深圳市科技计划项目(JCYJ20220530162006015,KCXFZ20211020165547010);广东省普通高校创新团队项目(2022KCXTD013);广东省大学生创新创业训练计划项目(S202410566008)。

语种：中文

中文关键词：鰤鱼诺卡氏菌;多重PCR;菌株分型

外文关键词：Nocardia seriolae;multiplex PCR;strain typing

中文摘要：为建立一种鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)多重PCR的分型方法,对已公布的20个鰤鱼诺卡氏菌全基因组数据进行对比分析,筛选鰤鱼诺卡氏菌种内差异基因片段并设计PCR引物,经单重PCR验证确认后进行引物组合、引物配比优化,构建鰤鱼诺卡氏菌的多重PCR菌株分型方法,并对该菌株分型方法进行灵敏度分析和病例应用。结果表明:在试验中构建的多重PCR菌株分型方法可用于鰤鱼诺卡氏菌培养物和感染鱼样分型,并确认鰤鱼诺卡氏菌ArsC、AraC、ISOPREN、ALAT、IclR基因片段具有种内差异;其中多重PCR引物组合Ⅰ(ISOPREN-F/R、ALAT-F/R、IclR-F/R)引物最优配比为ISOPREN-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=2∶1∶2,灵敏度达125 pg/μL,组合Ⅱ(AraC-F/R、ALAT-F/R、IclR-F/R)引物最佳配比为AraC-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=1∶1∶1,灵敏度达500 pg/μL,组合Ⅲ(ArsC-F/R、ALAT-F/R、IclR-F/R)引物最佳配比为ArsC-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=1∶2∶2,灵敏度达500 pg/μL。研究表明,本研究中建立的鰤鱼诺卡氏菌的多重PCR菌株分型方法,可在1~2 h内完成鰤鱼诺卡氏菌的菌株分型鉴定,为水产实践中鰤鱼诺卡氏菌感染病例的菌株分型提供了快速、准确、实用的鉴定方法,可助力鱼类诺卡氏菌病的防控。

外文摘要：To establish a multiplex PCR typing method for pathogenic bacterium(Nocardia seriolae)strain,the whole genome data of 20 published N.seriolae strainSwere compared and analyzed to screen the differential gene fragmentSand to design PCR primers.After confirmation by simplex PCR,the primer combinationSand primer ratios were optimized to construct a multiplex PCR N.seriolae strainStyping method,then sensitivity analysiSand cas e application of the strain typing method were conducted on.The resultSshowed that multiplex PCR strainStyping method constructed here was used to type N.seriolae cultureSand infecte fish,with confirmation of the intras pecific difference of N.seriolae ArsC,AraC,ISOPREN,ALAT,and IclR gene fragment.The optimal primer ratio in primerScombinationⅠ(ISOPREN-F/R,ALAT-F/R,IclR-F/R),the ratio was shown to be ISOPREN-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=2∶1∶2,with the sensitivity of 125 pg/μL for the strain typing method using multiplex PCR.For primerScombinationⅡ(AraC-F/R,ALAT-F/R,IclR-F/R),the optimal primer ratio was found to be AraC-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=1∶1∶1,with the sensitivity of 500 pg/μL.For primerScombinationⅢ(ArsC-F/R,ALAT-F/R,IclR-F/R),the optimal primer ratio was ArsC-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=1∶2∶2,with the detection sensitivity of 500 pg/μL.In the present research,N.seriolae multiplex PCR strains typing method was established,and completed the typing identification of N.seriolae in 1 to 2 hours.The findingSprovide a rapid,accurate and practical identification method for strainStyping of N.seriolae infection cas es in aquaculture practice.